自分の好きなデザインにしたいならBODYもHEADも入力しないといけませんよね。
BODY入力用のボックスにHEADも一緒に入れてたりしませんか? HEADはHEAD専用の入力ボックスがあるので、そちらに入力してください。
METAタグを入れたいという場合にも、HEADのフォームに入力すればうまくいきます。
ごく稀にですが、レイアウトによってはAlice+側が自動挿入するソースを有効にすると、却ってページが大きく崩れる場合があるので、Alice+の自動挿入を無視してDOCTYPE宣言から入力した方が良いと思います。